НОУ «Мыслитель» в период с 1993-го по 2009-й год — школа полного дня и работала по государственным программам, обеспечивая достижение каждым учеником уровня государственного стандарта.
Учитывая современные на тот момент требования к образованию, индивидуальный подход составлял основу преподавания в школе «Мыслитель». В классах обучались по 5-12 человек, что позволяло уделять внимание каждому ученику. Группы для изучения иностранных языков комплектовались по уровневому принципу. Учителя могли не только быстро скорректировать учебную нагрузку каждого ученика, но и увидеть его настроение, оценить уровень заинтересованности, ответить на все вопросы и разработать индивидуальную программу.
Визитной карточкой школы «Мыслитель» вместе со строгой дисциплиной и требовательностью, является также атмосфера доброжелательности и совместного творчества учителей и учеников. Опираясь на традиционные ценности и современные педагогические методы, преподавательский состав нашей школы создает такую образовательную среду, которая способствует естественному развитию учеников.
Выпускники тех лет становились студентами лучших российских и зарубежных ВУЗов.